本发明涉及二氧化硅生产的技术领域，特别是涉及一种纳米二氧化硅反应器，其循环在多个子燃烧腔室中进行间歇性短时间燃烧，减少热量聚集，使二氧化硅粉体快速冷却；包括反应主体和燃烧器，反应主体的内部设置燃烧腔室，燃烧器用于输送和点燃原料；还包括内输气管、输送气体管、多个隔板和端盖板，内输气管同心安装在反应主体的燃烧腔室中，输送气体管的喷头安装在内输气管中，多个隔板将内输气管和反应主体之间分隔成多个子燃烧腔室，反应主体、内输气管和多个隔板中设置冷却夹层，冷却夹层中流动冷却液，端盖板转动安装在反应主体的进口上，燃烧器安装在端盖板上，燃烧器的点火喷嘴伸入反应主体的燃烧腔室中。