本发明属于集装箱码头水平运输设备作业冲突协调技术领域，具体涉及一种U型自动化集装箱码头内外集卡堆场作业冲突协调方法，包括以下步骤：S1、TOS系统对堆场设备进行监管；S2、判断内外集卡是否发生冲突；S3、判断冲突发生类型，TOS系统针对不同类型冲突发出不同的预设指令来协调冲突，并进一步判断是否需要人工干预；若是，TOS系统根据人工指令灵活调整协调方案；若否，TOS系统自动发送指令按照预设方案发送协调指令；S4、ECS系统指导设备运行，解决此次冲突，并根据指令控制设备继续完成作业。本发明可以解决轨道吊同时接收到内集卡IGV作业和外集卡作业的指令，发生作业冲突时，码头作业效率的低下的问题，具有较好的市场应用前景。