本发明提供一种绿肥种子清选机，包括机架，机架上设置有进料装置，筛分装置和出料装置；筛分装置包括位于机架一侧的筛分驱动装置，筛分驱动装置驱动与前吸风道的出料口衔接的倾斜放置的橡胶球清筛机构上下左右振动；筛分装置还包括固定在橡胶球清筛机构上方对橡胶球清筛机构进行敲击的敲击锤清筛机构以及位于橡胶球清筛机构下方的下筛；筛分驱动装置还驱动位于下筛下方对下筛进行清刷的排刷清筛机构做来回往复运动；本发明设计有筛分装置，包括敲击锤清筛机构、橡胶球清筛机构、下筛和排刷清筛机构的协同工作，实现对不同质量、组分的物料进行分级清选后分别从各杂余集料装置的出口以及种子落种管道排出。