本发明公开了由(R)‑2‑磺酰基丁酸烷基酯合成S‑氟丁酰草胺的方法，属于有机化学合成领域，包括，所述S‑氟丁酰草胺由化合物R‑1制备；#imgabs0#其中，化合物R‑1由化合物1处理化合物R‑2得到；#imgabs1#其中，R1是C1‑C6烷基，R选自C1‑C6烷基、C1‑C6卤代烷基、苯基或者被1至3个独立选自C1‑C6烷基或卤素取代的苯基。本发明使用微生物大规模发酵生产的(R)‑2‑羟基丁酸为原料，经过酯化反应、磺酰化反应制备化合物R‑2，关键手性中间体R‑1通过中间体1与化合物R‑2发生构型翻转的经典SN2取代反应获得，R‑1制备完成后制备S‑氟丁酰草胺，成本低，污染小，安全性好，产率高，光学纯度优。