本发明公开了一种车载发电机保险的诊断方法及系统，保险连接在发电机与蓄电池之间，所述保险连接发电机的一端为A点，连接蓄电池的一端为B点，车辆未启动时，采集A点和B点电压，根据A点和B点电压判断保险是否疑似异常；若判断保险疑似异常，则在车辆启动后，采集A点和B点电压，根据A点和B点电压采用第一方法判断保险是否断路；若判断保险正常，则在车辆启动后，采集A点和B点电压，根据A点和B点电压采用第二方法判断保险是否断路。本发明在车辆运行时对特征判断分阶段进行，能精确的判断出发电机保险是否断路，避免所有误判漏判的情况。