本发明公开了一种轴向磁通永磁电机装配机构及装配方法，涉及永磁电机的装配领域。该装配机构具体结构如下：底板平台上设有两条平行的固定导轨，其上通过滑块连接有两个安装支架，在底板平台上还设有两个顶尖支架，分别位于其两端，固定顶尖支架上固定设有固定顶尖，移动顶尖支架内螺纹连接有移动顶尖；两个安装支架上均开有通过孔，通过孔上各安装有一个定子，两个顶尖的尖端部穿过定子的中心向中间伸入，两者相对，两条固定导轨之间设有一组丝杠结构，丝杠结构通过连接块连接安装支架。本发明保证了双定子单转子轴向磁通永磁电机结构在装配过程中保持中间永磁转子与两侧定子铁芯之间的气隙均匀性，避免了装配过程中永磁转子与定子的吸附碰撞。