本发明公开一种单元机组协同运行方法及系统，各单元机组之间通过做功蒸汽跨单元互连管道和冷却蒸汽跨单元互连管道连接，低负荷运行时，主单元机组的锅炉停止运行，由协同单元机组供应做功蒸汽和冷却蒸汽，以驱动主单元机组汽轮机运行；升负荷运行时，主单元机组的锅炉启动，初期由协同单元机组通过做功蒸汽跨单元互连管道供应主单元机组汽轮机负荷需求所需的做功蒸汽，以驱动主单元机组汽轮机带负荷的升负荷运行，当主单元机组的锅炉的蒸汽参数满足汽轮机负荷要求时，停止协同单元机组的跨单元供汽，切换到主单元机组的锅炉供汽。提高单元机组和火力发电厂的整体灵活性，提高单元机组参与电网深度调峰的能力，提高火力发电厂的深度调峰能力。