本发明涉及一种差分真空系统控制装置及差分真空系统，所述差分真空系统控制装置包括：阀体，所述阀体设有穿孔，所述阀体用于安装在腔体的外壁上，所述穿孔与腔室连通；阀门组件，所述阀门组件包括阀杆、阀板、旋钮及阀套，所述阀套连接于所述阀体上，所述阀杆穿过所述阀套与所述穿孔伸入所述腔室中，所述旋钮与所述阀杆传动配合，所述阀板与所述阀杆远离所述旋钮的一端连接，所述旋钮驱使所述阀杆沿高度方向运动，使得所述离子源腔室与质量分析器腔室之间切换连通或隔离状态。如此操作方式能够有效缩短质谱仪器维修后的再开机时间，一并节约人力、能源、机器损耗成本，结构加工简单、操作方便、对腔内真空环境无污染。