本发明适用于计算机领域，提供了一种微站水质监测方法及系统，所述方法包括：控制与采样设备的出口相连通的水样存储器的泄流开关开启后，开启与采样设备的采样通道相连的自来水供水电控阀门，控制其开启时间达到预设时长后关闭；在自来水供水电控阀门开启后，根据采样通道中残留物的量来确定供气设备的工作参数，基于所述工作参数控制与采样设备的采样通道相连的供气设备工作，以实现将采样通道中的残留物的量降低到预设范围内，本发明的有益效果在于：从取样监测的多环节全面减少误差，自动化程度高，保证水质监测数据贴合于真实值。