本发明公开了基于网络双工通信的数据安全传输方法及系统，涉及网络安全通信技术领域，其技术方案要点是：发送端和接收端均同步配置随机生成程序和筛选过滤程序；依据发送侧的随机生成程序生成嵌入干扰信息序列，并将嵌入干扰信息序列与已加密的待传输数据对位嵌入融合后得到目标传输数据，以及通过发送端、接收端之间的通信信道对目标传输数据进行传输；依据接收侧的筛选过滤程序生成嵌入位信息截取序列，并依据嵌入位信息截取序列截取所接收的目标传输数据中对应嵌入位的信息，以及将剩余信息按序连接并解密处理后得到待传输数据。本发明增强了不合法节点窃听信号的难度以及信号窃听后的解密难度，同时降低了消除自干扰的难度。