本发明提供一种基于清洁型过滤器的自动供料机构及其控制方法，所述自动供料机构包括：过滤器自动充气组件、过滤器管、过滤器固定组件、过滤器出料定位夹具、X轴导轨组件以及支撑底座，所述过滤器管通过所述过滤器固定组件滑动设置于所述支撑底座上，所述过滤器自动充气组件设置于所述过滤器管的正上方，所述过滤器出料定位夹具通过所述X轴导轨组件设置于所述过滤器管的出料位置；在所述过滤器管到位后，对所述过滤器管充入干燥洁净的空气，将过滤器压平，所述过滤器出料定位夹具实现过滤器的刮料和固定，并打开干燥空气接头和清洁真空接头。本发明能够提高过滤器供料机构的自动化程度，让过滤器始终处于干燥洁净环境中，避免影响其工作效能。