本发明实施例提供一种光纤放大器控制方法、装置、系统、传输节点和存储介质，第一通信端和第二通信端之间部署有多个WDM传输系统，至少一个目标WDM传输系统中包括第一传输节点和第二传输节点。第一传输节点接收第二传输节点发送的含有第二传输节点标识的第一控制信号，若确定第一控制信号是正常控制信号且第二传输节点标识与预先存储的第一参考节点标识匹配，则开启第一传输节点中发送端光纤放大器。第二传输节点接收第一传输节点发送的含有第一传输节点标识的第二控制信号时，执行类似判断，以开启第二传输节点中的发送端光纤放大器。通过该方案，实现了WDM传输系统中光纤放大器的准确开关控制，保证了数据安全。