本申请公开了一种卫星通信隐蔽式干扰对抗的系统及方法，该系统包括：卫星转发器监测分析子系统以及干扰信号生成子系统；其中，卫星转发器监测分析子系统，用于接收至少一个卫星转发器的转发信号，对转发信号进行信号处理和特征参数提取得到信号特征信息，以及根据预设监测频段和信号特征信息对预设监测频段的信号进行频谱监测；干扰信号生成子系统，用于根据预设干扰需求从转发信号中确定出每个卫星转发器对应的干扰信号信息，根据干扰信号信息对转发信号进行滤波处理得到至少一个载波信号，并将至少一个载波信号作为干扰信号转发给对应的每个卫星转发器。本申请解决了现有技术中对卫星通信转发干扰易被察觉的技术问题。