本发明提供一种双模型水华预测方法和装置，其中方法包括如下步骤：筛选出有效样本；获取有效样本中的叶绿素α浓度和藻密度数据，进行前后2日平均值修正和随机增长率尖角圆滑修正，采用非常数指数修正的马尔萨斯模型和逻辑斯蒂阻滞增长模型的结合的方法，预测叶绿素α浓度和藻密度数据；利用水华形成初始的历史有效值设定预测目标值,根据预测得到的叶绿素α浓度和藻密度数据与预测目标值的对比结果，评估水华趋势并进行预警。本发明提出的通过非常数指数修正马尔萨斯模型和逻辑斯蒂阻滞增长组合数学模型，充分考虑了水华的形成过程具有高度的非线性特征，初期灵敏探测，后期缩小偏差，部分预测曲线与实测曲线整体走势完美契合，能够实现水华的准确预测。