一种水库水温结构分析方法，包括如下步骤：S1、获取隔水幕墙顶部高程的全年逐日变化数据，并将隔水幕墙顶部高程的全年逐日变化数据转化为水温模型中网格编号的全年逐日变化数据；S2、将所述网格编号的全年逐日变化数据输入水温模型，并进行逐日的水温结构分析；S3、当下一日隔水幕墙顶部高程与当前日隔水幕墙顶部高程不一致时，中断分析，将下一日的隔水幕墙阻拦范围网格的下游侧网格边界修改为不过水边界，其余网格设置为过水边界，再继续分析。由于采用了上述技术方案，与现有技术相比，本发明使得在使用水温模型进行水库水温结构分析时能够自动调整隔水幕墙的顶部高程，使其随水位的变化而升降，进而减少计算误差。