本发明公开了一种富水砂层盾构隧道下穿高架桥用隔离加固结构及方法，该隔离加固结构包括两个分别布设于下穿隧道段左右两侧的隔离墙和位于两个所述隔离墙之间的泥浆固结体，每个隔离墙上均设置有一道冠梁，两道冠梁之间通过多道横梁紧固连接为一体；该隔离加固方法包括步骤：一、测量放线；二、隔离墙施工；三、冠梁施工；四、待加固地层注浆加固；五、横梁施工。本发明通过设置泥浆固结体使盾构机在泥浆固结体进行掘进施工形成下穿隧道段，泥浆固结体对下穿隧道段施工时盾构机掘进造成的土体扰动和地层压力进行抵挡；并在泥浆固结体两侧分别设置隔离墙就完全挡住了地层压力，确保下穿隧道段上侧高架桥的安全和零沉降。