本发明公开了一种具有阈值电压自动设定和控制功能的光子计数电路，包括光检测器，光检测器的输出端接前置放大模块的输入端，前置放大模块的输出端分别接AD波形采样模块的输入端、电压比较模块的第一输入端，AD波形采样模块的输出端接FPGA模块的第一输入端，FPGA模块的第一输出端接DA阈值电压控制模块的输入端，DA阈值电压控制模块的输出端接电压比较模块的第二输入端，电压比较模块的输出端接FPGA模块的第二输入端，FPGA模块的第二输出端接数码管显示模块。本发明通过增加AD波形采样模块，然后FPGA模块读取波形峰值并根据峰值设定阈值电压大小，能准确有效地解决阈值电压取值大小的问题。