本发明公开了一种基于梳状柔性铰链的两自由度扑翼飞行器，包括机架、电机座、微型电机、传动机构、第一扑动机构、第二扑动机构、第一至第二仿生前翼、第一至第二仿生后翼、以及尾翼。本发明通过微型电机、传动机构和两个扑动机构，驱动仿生机翼产生扑翼运动以提供飞行所需的升力和推进力。本发明中的扑动机构包括实现扑动运动的空间曲柄摇杆机构和实现扭转动运动的梳状柔性铰链，不仅减少振动、摩擦磨损还有助于微型化。此外，本发明整体结构紧凑，前后两对仿生机翼180°相位差反对称扑动，能够通过前后翼之间的非定常流效应获得更大升力，提高气动效率。