本发明公开了一种微纳米CT投影数据的中心切片对齐方法，该方法包括如下步骤：步骤1，获取样品在投影角下的待校正投影图像序列为取待校正投影图像序列中的第一待校正投影图像PA和第二待校正投影图像PB，并获取第一待校正投影图像PA对应的第一参考投影图像PAstd以及第二待校正投影图像PB对应第二参考投影图像PBstd；步骤2，将待校正投影图像序列中的第t张待校正投影图像Pt(t＝1，2，...，NA，t≠A，B)按照预设的搜索角序列中的每一个角度进行旋转，得到一组旋转后的投影图像序列再与第一参考投影图像PAstd进行二次投影的频域匹配校正。本发明能够在迭代重投影的基础上利用邻近匹配进行修正，从而加快了迭代速度，有利于提高计算效率。