本发明公开了一种应用于污水处理的生物膜原位活化方法，属于污水处理技术领域。它包括针对弹性填料采用深层挤压步骤与浅层挤压步骤联合施用的方式原位活化填料上附着的生物膜；深层挤压步骤之前设置浅层挤压步骤；深层挤压步骤针对系统负荷下降、出水水质临近指标值或系统阻力超出设计进水配水压力时的弹性填料进行，包括使全部弹性填料发生形变使生物膜中的老化层脱落的步骤；浅层挤压步骤针对系统负荷稳定时的弹性填料进行，包括使部分所述弹性填料发生形变促进堆积的生物膜重新排布的步骤。通过特有的浅层挤压匀质与深层挤压脱膜过程相结合的方法，使填料中生物膜的处理效率保持较高水平，生物膜老化导致的水质情况波动小，提高系统负荷。