本发明公开了一种与大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种鉴定相关的SNP标记及其应用，本发明SNP标记由位于大口黑鲈NCCRP-1基因的基因组序列SEQ ID NO:1的第202位的SNP位点，以及第76位和第132-133位碱基处的插入缺失突变位点组成，这三个位点完全连锁。利用本发明的SNP位点，具有目的性强、准确度高的优点，且操作简单、检测快速，便于广泛推广使用，快速对大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种进行鉴定，为原种保留、种质提高提供可靠依据。