本发明公开了一种用于鉴别银杏性别的分子标记，所述的分子标记为SEQ IDNO.1或SEQ ID NO.2所示。引物对GbSD1和GbSD2、GbSD3和GbSD4为银杏雄性个体专一性核酸分子探针。采用常规PCR方法，使用引物对1进行扩增，扩增产物有617bp条带，或使用引物对2进行扩增，扩增产物有531bp条带，则为雄性；否则为雌性。本发明提供的引物对为银杏雄性个体专一性分子探针，仅需少量样品就可以完成整个操作；准确、灵敏度高，若样品中有PCR扩增带，则为阳性反应，判断为雄性个体，反之无PCR扩增带，则为阴性反应，判断为雌性个体；方法简单，采用PCR技术进行检测，时间短。