本发明涉及一种健康档案管理系统及方法，包括：采集模块；用户子系统用于存储用户健康档案信息、用户基本信息；家庭医生子系统，用于家庭医生监管用户健康档案信息，审核用户申请的医疗业务；数据库设置在云端，用于存储通过采集模块采集的用户基本健康档案信息；通信模块用于建立用户子系统至医院信息管理系统之间的数据通道；判断模块用于对用户子系统通过通信模块传输的信息做出判断；医院信息管理系统用于识别用户基本信息，并调取判断模块中用户健康档案信息。本发明方便医生根据健康档案查询准确了解需诊治患者的病情变化；方便医生对需要诊治的患者做出具有针对性的诊疗方案；减少患者反复进行试敏等医疗检测，节省患者宝贵的救治时间。