本发明公开了一种城市轨道交通互联互通电子地图数据生成系统，包括：数据输入处理模块、数据输出处理模块、数据校验检查模块和数据转换处理模块，所述数据输入处理模块输入轨旁线路数据文件，通过所述数据校验检查模块校验数据文件，然后通过所述数据转换处理模块转换成电子地图数据文件；或者所述数据输入处理模块输入电子地图数据文件，通过所述数据校验检查模块校验数据文件，然后通过所述数据转换处理模块转换成轨旁线路数据文件。本发明还公开了基于城市轨道交通互联互通电子地图数据生成系统的生成方法和解析方法，既能避免人工编制数据所存在的弊端，同时也能提高数据的可靠度、准确率及缩短数据编制周期。