一种柑橘罐头加工工艺中同步提取果胶及多酚的方法，分别通过不同级别的分离装置分离出柑橘罐头加工工艺水中的高分子果胶、低分子果胶以及多酚、单糖等物质，避免了传统罐头加工中工艺水难处理造成环境污染及物质浪费，且各个不同分子量物质的分离采用的分离提取方式也都不同，比如超滤、纳滤等，不会使回收工艺太过复杂；本发明还提供了一种柑橘罐头工艺水中提取果胶及多酚的系统，根据高分子果胶、低分子果胶以及多酚、单糖分子量大小不同，采用不同的膜装置用于过滤的分离装置，促使分离出的上述物质纯度较高，系统中包含除盐装置能有效的去除工艺水中的重金属以及盐类，避免了这些物质对提取后的高分子果胶、低分子果胶以及酚、单糖的污染。