本发明提供一种结晶器噪声信号辨识与分析方法，其包括：(1)根据结晶器辨识得到离散状态矩阵A、B、C、D，其中A为n×n矩阵，B为n×1矩阵，C为1×n矩阵，并确定阶次n，采集N对输入输出离散数据样本ZN；(2)根据结晶器状态矩阵A确定结晶器阶次n；(3)确定参数r；(4)根据结晶器输入输出数据计算输出估计值(5)对输出估计值进行奇异值变换，获得状态方程观测矩阵Or；(6)通过对矩阵Or进行奇异值分解以获得结晶器系统的状态估计值(7)根据状态估计值计算得到噪声信号的估计值，在噪声信号的基础上进行分析获得噪声均值和协方差矩阵。本发明通过计算能够获得结晶器过程噪声与测量噪声的协方差矩阵，为控制系统状态估计提供科学合理的依据。