本发明公开了一种siRNA转染胚胎的电穿孔方法，包括以下步骤：1)对胚胎透明带进行弱化处理；2)配制含siRNA的电穿孔溶液；3)将胚胎移入配制好的含siRNA的电穿孔溶液，室温静置，然后再将胚胎连同电穿孔溶液移入电转槽中进行电穿孔。本发明包括对胚胎的透明带的弱化处理和siRNA的络合处理，然后通过将胚胎置于脉冲电场作用下，导致其通透性和膜电导瞬时增大，使在正常生理情况下细胞膜难以通透的siRNA进入细胞。统计学观察分析表明，本发明存活胚胎稳定阳性转染率超过95％，采集的总胚胎实际有效利用率超过70％，是一种安全、简便、高效的siRNA转染哺乳类动物胚胎的技术。