本发明公开了一种水性有机硅接枝的(甲基)丙烯酸酯聚合物的乳液的制备方法，包括以下操作步骤：将100重量份的聚(甲基)丙烯酸酯乳液、15-50重量份的聚硅氧烷阳离子乳液及0.1-0.5重量份的催化剂，在60-90℃条件下反应3-8h，除去有机溶剂，得水性有机硅接枝的(甲基)丙烯酸酯聚合物乳液，本发明采用了长链烷基苯磺酸作为反应性乳化剂，使得乳液乳化效果好，同时因乳液涂膜中无乳化剂的残留，使得乳液涂膜性能更佳。最终聚合物乳液中有机硅含量较高，接枝的硅氧烷链较长，不易被丙烯酸酯主链包埋、覆盖，充分发挥了有机硅的改性效果。本发明的操作方法对设备原料的要求较低，利于实现工业化生产。