本发明公开了一种从猪小肠粘膜中分离出生化药物的制备方法，特别公开了一种利用猪小肠生产肝素钠的制备方法。该利用猪小肠生产肝素钠的制备方法，其特征是：包括如下步骤：肠粘膜的制备、酶解、吸附、洗脱、沉淀脱盐和脱水干燥即得肝素钠。因此，本发明的有益效果是：收率高，肝素钠活性损失小，质量稳定，废液排放无污染且能循环使用，采用车间废气净化处理装置，解决了肝素钠车间气味恶臭的问题；利用旧工艺生产1亿个单位的肝素钠，需要2000～2400根猪小肠，而利用本发明的制备方法生产1亿个单位的肝素钠，只需要1400～1600根猪小肠，且肝素钠效价和活性都有大幅度提高，从而使生产成本大大降低，利润可提高40％以上。