本发明公开了一种信号编码加密传输的方法，在发送端，将串行数字信号转换成N位一组并行数字信号，然后乘以一个N*N加密变换矩阵，再将每位信号分别用一个特殊变换函数族的逆变换波形信号编码，N个编码波形是从M个编码波形中预先随机挑选出来的，最后将N个编码波形叠加后一起输出；在接收端，先用N个解码波形信号{Sd(nt)、2Sd(nt)...NSd(nt)}对N个编码波形的叠加信号进行解码得出对应位的数字信号；再乘以一个N*N解密变换矩阵，得到N位并行数字信号，最后再将N位并行数字信号转换成串行的数字信号。该处理过程，一是利用了特殊变换函数族的逆变换进行编码处理；二是，N个编码波形信号的选择是M中选N共有个选择；三是，N*N加密变换矩阵是从N！中选出的一个；因此，保密性很高，具有很强的抗干扰和抗截获的能力。