本发明公开了一种叶绿素a浓度反演方法及系统，该方法包括：S1：获取环境一号卫星的多光谱遥感数据；S2：判断是否有所述多光谱数据获取的日期，若有且所述日期能够和叶绿素a浓度季节类反演模型匹配，则根据所述日期选择叶绿素a浓度季节类反演模型进行叶绿素a浓度的计算，否则，选择基于波段优化的叶绿素a模型进行叶绿素a浓度的计算。本发明通过利用环境一号卫星的多光谱和高光谱数据，解决了反演模型受到时间和空间限制的问题，并可实现计算机自动运行与业务化运行。