本发明公开一种基于双核构架协同工作的高速数控系统及控制方法，第一逻辑单元与第二逻辑单元连接，在第一逻辑单元和第二逻辑单元之间连接有与门；第一逻辑单元将控制信号置为高电平读入加工代码并进行代码解释，利用节点管理所创建的向前看队列读取代码解释后的数据，再经过速度优化，速度实时控制与速度插补后输出一个插补周期内每个电机轴的运动数据；第二逻辑单元在需要一个周期内每个电机轴的运动数据时输出第一反馈信号；该第一反馈信号和第一逻辑单元的控制信号经与门并输出同步控制信号；第一逻辑单元接收同步控制信号后，将一个周期内每个电机轴的运动数据传给第二逻辑单元，第二逻辑单元在接收运动数据经运算输出控制电机的脉冲信号。