本发明公开了一种分离提取番薯皮中过氧化物酶的方法，包括如下步骤：(1)番薯清洁后取皮，加入pH 7.0-8.0的磷酸盐缓冲液，0-15℃均浆抽提，抽提后过滤，得滤液；(2)取滤液边搅拌边加入双水相萃取剂固体硫酸铵和PEG6000，使硫酸铵的质量百分比浓度为20-30％，PEG6000的质量百分比浓度为6-8％，充分搅拌溶解后，0-15℃静置分层，取下层溶液即为粗酶液；(3)由步骤(2)得到的粗酶液直接经Phenyl Sepharose6fast flow疏水层析，上样后用0-1mol/L的硫酸铵水溶液梯度洗脱，收集呈酶活性的洗脱液后冻干；(4)冻干粉经凝胶层析和离子层析得到所述的过氧化物酶。本发明更好地解决材料来源的问题并可以提高效率和酶活。