本发明公开了一种小麦胚芽的在线微波灭酶的装置，将微波灭酶装置安装在小麦面粉加工车间并与生产线相连接，从高方平筛上分离出的新鲜小麦胚芽通过溜管输送进入微波灭酶装置，该微波灭酶装置主要由控制系统、微波发生系统、传动系统、物料输送系统、温控系统和空气调节系统等六部分组成，物料输送滚筒连接上方进料口和下方出料口，微波发生系统安装在物料输送滚筒的下部，控制系统与微波发生系统电连接，温控系统安装在下方出料口附近，传动系统安装在上方进料口附近，本发明能提高小麦胚芽的稳定性，并实现工业化生产，生产能力为每小时处理麦胚5～50kg，麦胚可进行真空包装并可长期保存，为小麦胚芽的深度加工创造了条件。