本发明公开了一种微鞘藻的驯化方法及其应用，包括配制特定的培养基，对筛选出的藻种进行耐盐度驯化、降低氮磷含量驯化以及适应待处理水质等驯化，经过逐级放大培养后，将藻种引入盐碱地中，微鞘藻利用光合作用大量繁殖，并吸收、固定大气及水源中的氮磷元素，经繁殖后，将微鞘藻养殖水排掉，微鞘藻沉积在土壤中，此藻含有大量的氮磷等元素，用本发明方法一次处理后，土壤中氮增加了19-22％，磷增加了13-15％，全盐量下降了25-30％，即避免了水洗法造成的营养元素丢失，又避免了施用化肥对土地造成的板结及对水源和环境造成的二次污染，经多次处理可使土壤肥力逐渐得到增强，并可加快土壤恢复，最终达到改善生态环境的目的。