本发明涉及医药技术领域，是从植物内生真菌中分离到3种还原蒽醌类抗菌化合物Coniothranthraquinone 1～3，化学结构式分别如下：体外抗菌试验表明：Coniothranthraquinone 1对花药黑粉菌和巨大芽孢杆菌具有显著的抑制作用；Coniothranthraquinone 2和Coniothranthraquinone 3对灰霉菌具有显著的抑制作用。本发明为研制抗菌药物提供了先导化合物，对濒危药用植物的保护具有十分重要的意义。