本发明公开了一种载波资源配置系统，所述系统包括：载波资源配置装置和载波资源受控装置，所述载波资源配置装置与载波资源受控装置信号相连。本发明还公开了一种应用上述载波资源配置系统配置载波资源的方法，包括以下步骤：步骤S1.载波资源配置装置向覆盖设备发送生成识别码的命令；步骤S2.覆盖设备内的载波资源受控装置生成识别码并发送至载波资源配置装置；步骤S3.载波资源配置装置把接收的识别码和对应的载波资源配置信息发送至覆盖设备；步骤S4.载波资源受控装置比对接收的识别码与本覆盖设备的识别码，若一致则根据配置信息配置本覆盖设备的载波资源。本发明具有识别程度高、安全性强、成本低、操作简单和升级、减配方便等优点。