本发明涉及一种分离费托合成反应水相副产物的方法，主要解决目前费托合成反应水相副产物直接排放不经济和污染环境的问题。本发明通过采用包括以下步骤：水相副产物进入普通精馏塔1的中部，侧线采出沸程为50～120℃的馏分物流I，塔顶得到沸点小于40℃的轻组分，塔釜得到沸点大于120℃的重组分；物流I经过醋酸切割塔2、乙醇切割塔3、醋酸萃取塔4、萃取精馏塔5、脱乙醇塔6、萃取剂回收塔7、溶剂回收塔8、共沸精馏塔9的精馏分离后，得到丙酮、甲醇、乙醇、正丙醇、醋酸基本有机原料的技术方案较好地解决了该问题，可应用于处理费托合成水相副产物的工业生产中。