目的是提供一种在将试料内的特定的部位作为观察对象部位进行该观察对象部位的发光观察的情况下、在设置了试料的时刻能够决定对准于该观察对象部位的物镜的焦点位置的焦点位置决定方法、焦点位置决定装置等。本发明向试料照射光，变更物镜的焦点位置，测量变更后的焦点位置，以变更后的焦点位置将被照射光的试料摄像，基于摄像的摄像图像计算特征量，反复执行焦点位置的变更、焦点位置的测量、试料的摄像及特征量的计算，从执行并储存的多个焦点位置中，基于执行并储存的多个特征量，选出至少1个焦点位置，基于选出的焦点位置决定对准于试料内的观察对象部位的物镜的焦点位置。决定物镜的焦点位置，进行数字缩放及光学缩放，通过希望的倍率将摄像的图像放大并显示。